Desde el inicio de su administración, Marina del Pilar ha enfrentado polémicas que han generado cuestionamientos sobre la transparencia de su gobierno.
Entre los principales señalamientos destacan dudas sobre su declaración patrimonial, la adquisición de propiedades de alto valor y el nombramiento de su madre en la Cámara de Diputados.
En 2025, la gobernadora confirmó que Estados Unidos revocó su visa de turista y la de su esposo, Carlos Torres Torres, sin que las autoridades estadounidenses hayan hecho públicos los motivos.
Recientemente, audios filtrados han reavivado la controversia. Mientras Marina del Pilar sostiene que fueron manipulados y que fue engañada, sus críticos insisten en que la transparencia requiere explicar, documentar y responder a los señalamientos.